Selbstverständlich finden in wissenschaftlichen Modellen religiöse Gehalte, Wunder u. dergl. Berücksichtigung. Und zwar als Explanandum, d. h. dasjenige, was erklärt werden soll, aber nicht als erklärender Gehalt (=Explanans). Wenn das Explanandum nicht auf eine Weise formuliert werden kann, welches eine Prüfung (sei es via einer natur-, sozial, oder humanwissenschaftliche Methodik) erlaubt, so handelt es sich um kein Phänomen und wird fallengelassen.
In diesem Sinn wird beispielsweise von jedem Psycho- oder Logotherapeuten die religiöse Überzeugug seines Patienten ernst genommen, nämlich als psychologische Realität und damit Teil des wissenschaftlichen Prozesses. Auch in soziologischen und kulturwissenschaftlichen Untersuchungen religiöser Überzeugungen und Praktiken spielen die oben genannten Punkte eine gewichtige Rolle. Die Religionspsychologie etwa hat keinen anderen Gegenstand als die Genese und Faktizität religiöser Überzeugungen und Praktiken bei Menschen.
Weshalb derartige Gehalte aber nicht als Explanans gültig sein können, ist jedem klar, der sich rudimentär mit Wissenschaftstheorie befasst und in den Wissenschaften längst kein Zweifelsfall mehr.

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